In Atelier Ryza 2: Lost Legends & the Secret Fairy kehrt Ryza für ein brandneues Abenteuer zurück - die Handlung setzt drei Jahre nach den Geschehnissen von Atelier Ryza: Ever Darkness & the Secret Hideout an und begleitet Ryza auf ihrer Reise zur Royal Capital of Ashra-am Baird, auf der sie alte Ruinen erkundet und die Wahrheit hinter den Mysterien der verlorenen Legende aufdeckt. Auf dem Weg erlernt sie zahlreiche neue Fähigkeiten, die ihr dabei helfen, die Gefahren und Aufgaben zu bewältigen ...